（1）Bulk蛋白质组：刻画疾病进程中的蛋白质异常表达或临床蛋白预后标志物的发现；

①SomaScan P7K/P11K：利用核酸适配体技术靶向检测样本中近7千个或近1.1万个蛋白质表达。因检测高深度，高重现性，无需桥接样本，多批次数据无缝整合等优势，适用于大规模发现临床生物标志物等研究；

② Olink蛋白质组：利用“抗体+DNA寡核苷酸链特异性结合靶蛋白”技术，根据研究类型，可针对性的对与心血管、癌症、炎症、神经、代谢、发育等相关的蛋白进行靶向检测，适用于关注具体的疾病和生理通路研究；

③Astral质谱蛋白质组：利用质谱技术无偏向性的检测样本内中尽可能全部的蛋白质，无样本类型限制或偏好，适用于蛋白质组的无偏向性检测；

（2）单细胞转录组（scRNA-seq）：刻画疾病进程中的免疫微环境重塑过程，聚焦异常表达的细胞群及其高变基因的表达变化特征；

文章标题：Dynamic urinary proteomics integrates single-cell and spatial transcriptomics to reveal tumour microenvironment and predict immunotherapy response in biliary tract cancer

发表时间：2025.10

发文期刊（IF）：Gut（26.2）

发文单位：北京协和医院

为将尿液蛋白质组作为免疫检查点抑制剂（ICIs）响应的预测工具，阐明其与肿瘤动态和肿瘤微环境（TME）重塑在胆道癌（BTC）患者中的关系，作者使用97名接受ICI治疗和211名未接受治疗的胆道癌患者的尿液样本进行蛋白质组检测，11名患者的治疗前肿瘤活检样本进行单细胞RNA测序。研究发现ICIs治疗后，在具有持续良好预后和部分缓解效果（PR）的患者中下调表达的蛋白主要在上皮细胞中富集，暗示肿瘤负荷减少和TME重塑。而在持续发病患者（PD）中，下调表达蛋白主要在间质细胞和免疫细胞中富集，与肿瘤进展相符。机器学习最终筛选出由4种蛋白质组成的良好预后生物标志物list：PTPN13、SUB1、MICAL-L1、VARS1，其中PTPN13阳性上皮细胞可能带来持续的免疫治疗益处，对维持上皮细胞稳态，预防上皮细胞转化为间充质细胞（EMT）和促进细胞凋亡过程有益。而PTPN13阴性细胞则与细胞增殖，肿瘤侵袭和EMT促进有关。该研究开创性的将尿液蛋白质组应用于免疫肿瘤学，提供了一种非侵入性方法来预测和检测ICI的响应，同时对BTC中肿瘤微环境动态提供了机制性见解。

文章标题：Role for Complement C5 in Eosinophilic Inflammation of Severe Asthma

发表时间：2025.06

发文期刊（IF）：Allergy（12）

发文单位： 广州医科大学附属第一医院、伦敦帝国理工学院

研究表明，哮喘患者体内补体系统（complement system）会被激活，但补体系统在重度哮喘中的作用仍不清晰。作者使用276名重度哮喘患者和62名健康对照组痰液样本进行常规蛋白质组检测，4例重度嗜酸性哮喘和4例健康人群（公共数据）的单细胞转录组测序。蛋白质组发现补体C5可加剧哮喘嗜酸性粒细胞炎症，主要在巨噬细胞亚群中表达，C5的蛋白受体—C5AR2在嗜酸性粒细胞高表达。哮喘患者中表达C5的巨噬细胞比例显著高于慢性咳嗽对照组。同时，哮喘组中C5的蛋白受体—C5aR1在巨噬细胞和嗜酸性粒细胞表达显著高于对照组，表达C5aR1的中性粒细胞在哮喘组和对照组之间无差异，暗示C5aR1的差异表达受特殊细胞群调控。小鼠体内实验再次证明，内源性C5可能促成嗜酸性粒细胞炎症，外源补充C5可能促成支气管炎症和杯状细胞化生。中和C5可缓解粒细胞（granulocytic）和免疫细胞（immune cell）浸润以及粘液表达。

文章标题：Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine

发表时间：2024.12

发文期刊（IF）：Cell Reports Medicine（10.6）

发文单位：美国阿拉巴马大学伯明翰分校

因存在化疗耐药性，胰管腺癌（PDAC）的预后效果较差。为阐明帕立骨化醇（P）联合羟氯醛（H）增强吉西他滨（G）化疗疗效的分子机制，作者采用多种PDAC模型（包括人源细胞系、小鼠原位移植瘤、PDX模型及临床试验患者样本）和多组学技术系统解析GPH联合方案对肿瘤细胞自噬、肿瘤微环境重塑及免疫激活的影响。结果发现：GPH治疗显著抑制PDAC肿瘤生长并延长生存期。其核心机制为：相比于G或PH治疗，GPH治疗可激活小鼠和人的PDAC细胞系中自噬相关蛋白VD-AMPK通路激活自噬，促进自噬体形成显著延缓肿瘤生长。同时，GPH处理可重塑肿瘤微环境，减少癌症相关成纤维细胞（CAFs），特别是促瘤的myCAF、iCAF亚型，促进M1型巨噬细胞极化，增加CD4⁺和CD8⁺T细胞浸润，减少调节性T细胞（Tregs）。最后在临床小群体中使用GPH三联合治疗方案，未观察到超出预期的新增毒性，联合PH添加到GnP方案中安全性可接受，后续需开展更大群体的临床患者进行验证。

文章标题：Liquid-biopsy proteomics combined with AI identifies cellular drivers of eye aging and disease in vivo

发表时间：2023.10

发文期刊（IF）：Cell（42.5）

发文单位：斯坦福大学

从活体组织，如眼睛和大脑等非再生器官的单细胞转录组研究极为困难。作者使用120例房水或玻璃体活检样本进行SomaScan检测，结合57种已知健康眼细胞类型，15种健康眼外细胞类型（包括血液和肝细胞），追踪房水中检测到的蛋白质的细胞起源，并开发人功能模型（AI）评估个体细胞衰老。整合蛋白质组和单细胞转录组数据共获得1920种细胞类型特异性标记蛋白，包含单个视网膜细胞类型的细胞特异性标记蛋白、免疫细胞特异性标记蛋白、其它眼部细胞类型特异性蛋白。色素性视网膜炎中，视杆细胞特异性蛋白受到的影响最大。糖尿病视网膜病变（DR）的细胞驱动因素随疾病分期发生转换，主要表现在免疫细胞、血管内皮细胞、周细胞和视网膜神经胶质细胞的特异性蛋白增加，首次发现人体内免疫细胞（如巨噬细胞）是晚期糖尿病视网膜病变的重要分子驱动因素。根据细胞特异性蛋白的变化趋势发现，眼部疾病与疾病相关的特异性细胞的加速衰老有关。最后，作者开发了人工智能模型，实现通过眼部各自细胞的特异性表达蛋白来预测血管、免疫和视网膜年龄。

文章标题：An integrated multi-omics analysis reveals osteokines involved in global regulation

发表时间：2024.04

发文期刊（IF）：Cell Metabolism（30.9）

发文单位：南方医科大学

作者使用21种来自成年C57BL/6小鼠的不同组织（骨干、颅骨、脊柱、肋软骨、骨髓、骨骼外器官）进行转录组检测，对骨髓上清液、小鼠血清、人类血清进行质谱、SomaScan和细胞因子检测，使用已发表的小鼠骨髓细胞群，成骨细胞、骨细胞、肝脏、大脑、主动脉等单细胞转录组数据。通过转录组+蛋白质组联合，确定出107个骨特异性骨因子（BOKs）、203个与衰老相关的骨源性分泌蛋白（AOKs）、100个机械负荷（loading）或机械卸载（unloading）骨源性分泌蛋白（MOKs）、50个成骨细胞分泌蛋白（OBKs）。对上述获得的蛋白质进行细胞溯源得到345个骨素因子细胞类型。整合骨、肝、脑、主动脉单细胞转录组数据，构建配-受体互作矩阵，并将骨素因子映射到配-受体对中，预测并验证骨素因子如何靶向肝、脑、主动脉细胞调控衰老，动脉粥样硬化等系统性疾病。最后，发现衰老成骨细胞（OB）通过分泌FABP3把衰老表型转递给血管平滑肌细胞（VSMC），为“骨衰老→血管衰老”提供直接因果链。